Genoma humano contaminado con ADN de Mycoplasma

A principios de este año, los biólogos moleculares anunciaron que El 20 por ciento de las bases de datos de genomas no humanos están contaminadas con ADN humano. , probablemente de los investigadores que secuenciaron las muestras.

Ahora, el genoma humano mismo se ha contaminado. Bill Langdon del University College London y Matthew Arno del Kings College London dicen que han encontrado secuencias de bacterias micoplasmas en la base de datos del genoma humano.

Esta contaminación tiene consecuencias de gran alcance. Las empresas de biotecnología utilizan la base de datos del genoma humano para crear chips de ADN que miden los niveles de expresión de genes humanos. Langdon y Arno dicen que han encontrado ADN de micoplasma en dos chips de ADN humano disponibles comercialmente.



Cualquiera que utilice estos chips para medir la expresión génica humana también está midiendo sin saberlo la expresión génica del micoplasma.

De alguna manera, esto no es una sorpresa. Es bien sabido que la contaminación por micoplasmas abunda en los laboratorios de biología molecular, dicen Langdon y Arno. Con un poco de suerte, el descubrimiento de estas cosas en la base de datos del genoma humano centrará las mentes en el problema.

Una cuestión clave es la naturaleza de este tipo de transmisión de información. Estos genes de micoplasma claramente logran reproducirse a sí mismos. in silico. Una posibilidad es que estemos viendo el comienzo de un tipo de panorama de infección completamente nuevo.

Aquí, los genes que pueden hacerse pasar por humanos (o de hecho como otros organismos) pueden transmitirse con éxito de una base de datos a otra. Y si pensamos en esto como una infección virtual, una apuesta segura es que estaremos preocupados por la evolución virtual en un futuro cercano.

¿Pero qué hacer? El nivel de contaminación y la forma en que se está extendiendo sugiere que los investigadores están perdiendo la batalla para eliminarla. Tememos que las herramientas actuales sean inadecuadas para atrapar genes que han saltado la barrera del silicio, dicen.

Lo más aterrador de todo es la posibilidad de que Langdon y Arno solo hayan arañado la superficie. Habiendo encontrado dos secuencias de ADN sospechosas, parece probable que la secuencia del genoma humano publicada contenga más, dicen.

Si la infección virtual es realmente un problema tan grande como sugieren Langdon y Arno, es posible que necesitemos proteger las bases de datos con la versión genómica del software antivirus, una especie de sistema inmunológico virtual.

Pero es probable que esto en sí mismo desencadene una carrera armamentista evolutiva que seleccione los genes más capaces de superar las salvaguardias.

Claramente, esta es una ortiga que debe agarrarse rápidamente. Eso es si aún no es demasiado tarde.

Ref: arxiv.org/abs/1106.4192 : Datos más mohosos: Infección virtual del genoma humano

esconder